III.Murat adına 1583-1592 yılları arasında yaptırılan külliye cami, medrese, imarethane ve dükkanlardan oluşmaktadır. Projesi Mimar Sinan’a ait olan külliyenin inşası Mimar Mahmut Ağa tarafından başlatılmış ve ölümü üzerine Mimar Mehmet Ağa tarafından tamamlanmıştır.

Külliyenin en gösterişli bölümünü oluşturan kesme taştan yapılmış ters T planlı cami, klasik Osmanlı mimarisinin en zarif örneklerinden biridir. Cami ortada bir büyük merkezi kubbe, yanlarda ve güneydeki mihrap çıkıntısında ise tonozlu çatı sistemi ile örtülmüştür. Kuzey cephesinin köşelerinde tek şerefeli bir çift minaresi vardır. İnce süslemeler ile bezeli iç mekana, fildişi, sedef ve bağa kakmalarla bezenmiş çift kanatlı bir kapıdan girilmektedir. Mihrap duvarı İznik çinileriyle kaplıdır. Mermer minber çok değerli bir sanat eseridir. Üst pencerelerde cam işi süslemeler yer almaktadır. Güneydoğu köşesinde bulunan mermerden yapılmış hünkar mahfilinin tavanı malâkari işlemelerle, kubbe, tonoz, kemer ve pencerelerin etrafı ise kalem işleri ile bezenmiştir.

Medrese, klasik Osmanlı medrese plan ve şekline bağlı kalınarak yapılmıştır. Giriş kapısı batı cephesinde olup revakların gerisinde kuzey, güney ve batı yönlerinde odalar yer almaktadır. Kubbe ile örtülü olan bu odaların içinde ocak ve dolap nişleri bulunmaktadır.

İmarethanenin planı medrese planına benzemekte olup revakların gerisinde avluyu “U” şeklinde saran mutfaklar, yemekhaneler ve erzak depoları yer almaktadır. Mutfak bölümlerinde büyük ocaklar ve bir çeşme bulunmaktadır.

Medrese ve imarethane bölümleri günümüzde müze olarak kullanılmaktadır.

Medrese ile cami arasındaki avluda yer alan kütüphane 1812 yılında Karaosmanoğulları’ndan Hüseyin Ağa tarafından yaptırılmıştır. Günümüzde Mimar Sinan Çocuk Kütüphanesi hizmet binası olarak kullanılmaktadır.